認識 RNAi
RNA干擾(RNA interference，RNAi) 是指一種分子生物學上由雙股 RNA 誘發的基因沉默現象，其機制是通過阻礙特定基因的轉譯或轉錄來抑制基因表達。
小干擾 RNA (Small interfering RNA，siRNA)
‧也稱為短干擾 RNA(short interfering RNA)或沉默 RNA (silencing RNA)
‧為外源性的 RNA，長度 20 到 25 個核苷酸的雙股 RNA
siRNA 結構
siRNA 通常是一段長 21 個核苷酸的雙股 RNA (dsRNA)，其兩股分別在 RNA 的兩端超出另一端 2 個核苷酸，圖示如下：
‧dicerr 這種酶將較長的雙股 RNA 或小髮夾 RNA (small hairpin RNA)切成 siRNA (上圖)。
‧siRNA 也可經由多種不同轉染(transfection)技術導入細胞內，並對特定基因產生具專一性的基因剔除(knockdown)效果。
小分子 RNA (microRNAs；miRNA)
miRNA 為內源性的單股 RNA，無法進一步轉譯成蛋白質的 RNA (屬於非編碼 RNA)。miRNA 與 mRNA 的 3`UTR 結合，進而抑制轉錄後的基因表達，在調控基因表達、細胞週期、生物體發育時序等方面起重要作用。
miRNA 是從初級轉錄本(primary transcript)，也就是 pri-miRNA，轉變成為稱為 pre-miRNA 的莖環結構，最後成為長約 20~24nt 的成熟 miRNA
應用
‧基因功能研究- siRNA 成為研究基因功能與藥物靶標的一項重要工具，可以進一步開發成為 RNAi 藥物。
‧疾病治療- 已被用於臨床測試用於幾種疾病治療，如老年視黃斑退化、肌肉萎縮性側索硬化症、類風濕性關節炎、肥胖症、腫瘤治療等。在抗病毒治療方面，帕金森病等神經系統疾病。
RNA干擾研究工具
RNA 干擾在基因功能研究的進展非常快速，各種有用的技術已被研發出來。
美國 Dharmacon 提供各種高品質的 RNAi 工具：
‧程式計算- 經由 siRNA
design algorithm 設計以及基因庫比對，已有效排除造成 off-target 序列，確保合成的 RNA 序列能有效達到抑制效果。
‧化學修飾- 市面上大多為單股修飾，Dharmacon 甚至做到雙股的化學修飾，大幅降低 off target 的機率，大大提高專一性。
‧獨特二級結構- miRNA 產品能做到具備獨特二級結構，增加穩定度，使其效果更好，半衰期長。
‧序列明確- miRNA 可細分到 3p 或 5p，明確知道是哪一股作用。
‧SMARTPool 的概念- 為了避免單一 siRNA 用量過高導致 off target 的問題，發展藉由同時將 4 條相異序列的 siRNA 分別降低濃度，再 pool 成一管，同時送入細胞株，可以有效降低 off target 的影響。
‧轉染試劑- 針對不同細胞株發展出相對應的轉染試劑，增加 siRNA or miRNA 送入細胞的機率，有些產品甚至不用轉染試劑。
相關產品資訊
siRNA 系列
| Products | Quantity |
siRNA | 2 OD |
| 4 OD |
| 10 OD |
| Negative control siRNA | 1 OD |
| FAM labeled negative control siRNA | 1 OD |
| Positive control siRNA, LaminA/C | 1 OD |
| Positive control siRNA, GFP274 |
| Positive control siRNA, Luciferase GL2 |
| Positive control siRNA, MAPK1 |
| Positive control siRNA, Beta-actin |
| Positive control siRNA, Vimentin |
| Positive control siRNA, P53 |
| Positive control siRNA, GAPDH |
| Positive control siRNA, Cyclophilin B |
Chemically-modified siRNA | 2 OD |
| 4 OD |
| 10 OD |
| Set A (Standard siRNA) |
| Target siRNA x 3(2 ODx3) |
| Negative control siRNA(0.5 OD) |
| FAM label Negative control siRNA (0.5OD) |
| Positive control siNRA (0.5 OD) |
| Set B (Chemicall-Modified siRNA) |
| Target siRNA x 3(2 ODx3) |
| Negative control siRNA(0.5 OD) |
| FAM label Negative control siRNA (0.5OD) |
| Positive control siNRA (0.5 OD) |
| |
| miRNA mimics&inhibitors | |
| Products | Quantity |
ds miRNA Mimics | 2 OD |
| 4 OD |
| 8 OD |
| 10 OD |
Chemically-modified ss miRNA Inhibitor | 2 OD |
| 4 OD |
| 8 OD |
| 10 OD |
| ds miRNA Mimics Negative Control | 1 OD |
| ss miRNA Inhibitor Negative Control | 1 OD |
| |
| In vivo siRNA/miRNA | |
| Products | Quantity |
in vivo siRNA | 4 OD |
| 8 OD |
| big size |
in vivo miRNA mimics or inhibitors | 2OD |
| 4OD |
| 10OD |
| 25OD |
| 50OD |
| in vivo miRNA negative control (mimics or inhibitor) | 2OD |
| |
| shRNA | |
| Products | Vector Type |
TOOLS shRNA Plasmid | pGPU6 |
| pGPH1 |
| pGPU6/Neo |
| pGPH1/Neo |
| pGPU6/Hygro |
| pGPH1/Hygro |
| pGPU6/GFP/Neo |
| pGPH1/GFP/Neo |
| pGPU6/RFP/Neo |
| pGPH1/RFP/Neo |
| shRNA plasmid negative control | |
TOOLS shRNA Plasmid Set | Target shRNA Plasmids x 4 |
| Negative control shRNA Plasmid x 1 |
| Positive control shNRA Plasmid x 1 |
| TOOLSilent GAPDH positive control plasmid | 五選一 |
| TOOLSilent negative control plasmid | 五選一 |
| TOOLSilent shRNA plasmid | pGLV1/U6/GFP |
| TOOLSilent shRNA plasmid | pGLV2/U6/Puro |
| TOOLSilent shRNA plasmid | pGLV3/H1/GFP+Puro |
| TOOLSilent shRNA plasmid | pGLV9/U6/RFP |
| TOOLSilent shRNA plasmid | PGLV10/U6/RFP/Puro |
TOOLSilent shRNA plasmid set | Target shRNA Plasmids x 4 |
| Negative control shRNA Plasmid |
| Positive control shNRA Plasmid |
